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酶解法甲基化測序(EM-seq)
EM-seq（Enzymatic Methyl-seq）產(chǎn)品介紹EM-seq，全稱為Enzymatic Methyl-seq，是一種新型的DNA甲基化檢測技術(shù)。它利用酶學方法區(qū)分DNA上的未甲基化的C和甲基化的5mC（或羥甲基化的5hmC）。Enzymatic Methyl-seq（EM-seq）通過酶法完成WGBS建庫，其對DNA的酶處理分為兩步：第一步使用TET2酶以及氧化增強劑將5mC和5hmC氧化成5caC，保護經(jīng)過修飾的胞嘧啶；第二步利用脫氨酶APOBEC對胞嘧啶進行脫氨處理，此步驟不會對5caC造成影響，從而實現(xiàn)5mC和5hmC的檢測。
技術(shù)優(yōu)勢
樣本要求動物組織≥0.2 g DNA≥500ng （濃度≥20ng/uL） 細胞：≥5✖106個 建庫測序 測序策略：PE150 測序深度：推薦至少30X 通過漿細胞游離DNA的靶向酶促甲基測序來檢測肝細胞癌 Hepatocellular carcinoma detection via targeted enzymatic methyl sequencing of plasma cell-free DNA 期刊：Clinical Epigenetics | 影響因子：4.4 | 發(fā)表時間：2023 | 發(fā)表單位：廈門大學 研究背景： 循環(huán)腫瘤DNA攜帶的表觀遺傳變異可作為非侵入性液體活檢早期檢測肝細胞癌（HCC）的生物標志物。然而，傳統(tǒng)的甲基化分析方法，即雙硫酸鹽測序，由于DNA損傷嚴重的缺點，在少量cfDNA分析中的應用受到限制。 研究結(jié)果： 通過溫和的酶介導轉(zhuǎn)化，酶甲基測序（EM-seq）非常適合精準測定游離DNA的甲基化水平，為肝細胞癌（HCC）的早期檢測提供了機會。甲基化對照組DNA的EM-seq分析顯示，將未甲基化的C轉(zhuǎn)化為U的酶促轉(zhuǎn)化效率高于亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化。此外，相對較大比例的未完全轉(zhuǎn)化的EM-seq reads中，包含超過3個未轉(zhuǎn)化的CH位點（CH=CC、CT或CA），這些可以通過過濾去除，從而提高EM-seq甲基化檢測的準確性。研究分析了241例HCC、76例肝病和279例正常血漿樣本，使用EM-seq和靶向捕獲技術(shù)測量1595個CpG位點的甲基化值。模型訓練確定了283個CpG位點在HCC與非HCC樣本之間存在顯著的甲基化水平差異。基于這些標記的HCC篩查模型能夠有效區(qū)分HCC樣本和非HCC樣本，在測試集中曲線下面積為0.957（sensitivity=90%，specifcity=97%），在不同階段以及在血清α-胎蛋白/維生素K缺乏II誘導的蛋白陰性樣本中表現(xiàn)良好。
圖：靶向EM-seq測序和標志物選擇
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