TECHNOLOGY SERVICE
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Smart-seq2
單細胞全長轉錄組測序（Smart-seq2） 產品介紹： 單細胞測序技術在科研領域已得到了廣泛的應用，尤其是腫瘤、免疫、細胞發育、病毒感染、用藥指導及靶標篩選等研究領域。⽬前，主流的單細胞解決方案除了10x Genomics Chromium外，還有Smart-seq2技術。Smart-seq技術于2012年公布，Smart-seq2是升級版技術。Smart-seq2是可以檢測mRNA全長的單細胞轉錄組測序技術，也可⽤于分析可變剪切。 Smart-seq2技術利用oligo-dT30VN作為反轉錄起始引物進行逆轉錄，逆轉錄至mRNA的5’端帽子結構時，利用MMLV酶的模板置換的活性，利用TSO作為模板，繼續逆轉錄，進而添加5’通用序列。其具有模板起始量低、轉錄本覆蓋度高、堿基分辨率高和檢測靈敏度高等優勢，但只能分析帶poly A的RNA，RNA質量要求高，且檢測的是非鏈特異性RNA。Smart-seq2技術對于樣本量少、特殊樣本（比如生殖細胞）有較好的適配性。 技術流程：
分析流程：
樣本要求： 真核生物（動物），mRNA 具有Poly(A)結構； 單細胞：細胞直徑大于10μm； 微量細胞：細胞數目在200個以下； 微量total RNA：一般要求 RNA 28S/18S≥1，RIN≥7，濃度＞50pg/μL。 建庫測序： 測序策略：Illnumina，PE150 測序深度：6G 項目周期： 40個工作日 案例分享 《Smart-seq2測序揭⽰了⼈先天淋巴細胞的組織特異性基因表達》 Tissue-specifictranscriptionalimprintingandheterogeneity inhumaninnatelymphoidcellsrevealedbyfull-lengthsingle-cellRNA-sequencing 期刊：CellResearch｜影響因⼦：46.297｜發表時間：2019｜發表單位：瑞典斯德哥爾摩卡羅林斯卡醫學院感染醫學中⼼ 研究背景： 先天淋巴樣細胞(Innate lymphoid cells,ILCs)是近年來加⼊先天免疫系統的新成員，在清除細胞內和細胞外病原體、調節適應性免疫、組織修復和參與炎癥等⽅⾯發揮著重要作⽤。然⽽，這些現有研究依賴于⼤量分類的ILC群體的有偏差定義，掩蓋了潛在的異質性。微環境對⼈類先天淋巴樣細胞(ILC)介導的免疫的影響在很⼤程度上仍然未知。 研究結果： 本研究使⽤全⻓Smart-seq2進⾏全⻓轉錄組測序來揭⽰四種⼈體組織中CD127+ ILCs的組 織特異性轉錄譜和異質性 。相關分析確定了扁桃體和⾎液中I LCs遷移特性的基因模塊，以及結腸和肺部ILCs的組織駐留、激活和修飾代謝特征。軌跡分析揭⽰了從循環和組織常駐未成熟ILC到成熟ILC亞群的潛在分化途徑。在肺中，作者發現CRTH2+和CRTH2−ILC2具有肺特異性特征，可以通過循環ILC2的進⾏相關預警。⾎液ILC1樣細胞獨特的TCR-v(D)j重排模式。此研究為深⼊了解ILC介導的免疫提供了基礎，對疾病有指導意義。
圖：Smart-seq揭⽰了不同基因表達模式細胞亞群和組織特異性 |
