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樣本處理及建庫系統 / 二代測序系統
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武漢愛基百客生物科技有限公司（簡稱愛基百客），位于武漢高農生物園，辦公面積逾3000平方米，是一家專注于表觀組學、單細胞時空組學和高通量測序分析服務的新型生物科技企業。

公司旨在為客戶提供專業的科研服務，運營至今合作的科研客戶近千家，涵蓋國內知名科研院所、高校以及相關生物企業，運營至今銷售額超1億元，科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等國際高水平學術期刊發表，受到了客戶廣泛好評，是國內成長最迅速的多組學科研服務企業之一。

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網站首頁 >> 科技服務 >>單細胞時空組學 >> scATAC-seq

详细说明

scATAC-seq

產品介紹
案例分享

單細胞染色質可及性（scATAC-seq）

產品介紹：

多數基因組中的染色質都緊緊盤繞在細胞核內，但也有一些區域經染色質重塑后呈現出松散的狀態，這部分無核小體的裸露DNA區域被稱為開放染色質（open chromatin），而DNA復制和基因轉錄都發生在這些區域。染色質的這種特性叫做染色質的易接近性（chromatin accessibility），通過研究細胞特定狀態下開放的染色質區域可以在DNA水平上了解其轉錄調控。10× scATAC-seq（Single Cell Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，單細胞染色質易開放區域測序）基于10×Genomics單細胞平臺，利⽤Tn5轉座酶切割染⾊質的開放區域，并加上測序引物進行高通量測序，以單細胞層面研究染色質開放區域，在腫瘤異質性研究、基因調控網絡分析、轉錄因子挖掘等方面發揮了重要作用。

技術流程：

樣本要求：

樣本類型：單細胞核懸浮液

樣本來源：細胞系、原代細胞、冷凍保存樣品

細胞核大小：小于40μm

測序量：90G

項目周期：

40個⼯作⽇

案例分享

《單細胞測序技術繪制哺乳動物染色質可接近性圖譜》

A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility.

Cell, 2018, 174:1309-1324.e18.（IF=36.216）

研究背景：

目前已經有大量關于細胞系和組織中全基因組染色質的可接近性的研究。然而，細胞系在體外培養的過程中會發生改變，組織被細胞類型異質性混淆。雖然在體內細胞類型可以流動分類和研究，但會耗費大量勞力，而且需要相關研究報道的標記來區分。

研究內容：

研究應用單細胞ATAC-seq分析了5只成年雄性小鼠13個組織約10萬個單細胞染色質可及性，最終得到81173個細胞，共鑒定出85個亞群和436,206種調控元件，并利用啟動子的相關基因對85個亞群的細胞類型進行注釋，呈現了哺乳動物不同細胞類型的染色質調控圖譜。聯合單細胞RNA-seq分析數據，發現兩種方法注釋的細胞類型表現出高度一致性；基于KNN分類將scRNA-seq中最常見的標記關聯到scATAC-seq數據，共同注釋細胞類型。利用全基因組關聯研究（GWAS）的數據，使用LDSC模型將人類的SNP提升到小鼠基因組中，根據DA峰值的重疊進行注釋，研究人類特征性疾病與細胞類型間的相關性。