TECHNOLOGY SERVICE
科技服務
|
全轉錄組測序
全轉錄組測序 產品介紹： 全轉錄組(Whole Transcriptome Sequencing )是指特定組織或細胞在特定狀態下轉錄出的所有轉錄本信息的總和，包含mRNA、smallRNA、lncRNA和circRNA等RNA。基于⼆代測序的全轉錄組測序，分析同⼀樣本中的mRNA、small RNA、lncRNA和circRNA，并對它們進行兩兩關聯分析和三元關聯分析，構建調控網絡，深⼊挖掘轉錄調控機制。 分析流程：
樣本要求： 細胞： 動物組織：≥1 g 植物組織：≥3g 真核微生物：1×106 個或 ≥300mg
建庫測序： 測序策略：PE150 適用范圍：有參考基因組物種 項目周期： 55個工作日 案例分享： 《苯并[a]芘處理的乳腺癌細胞的全轉錄組測序和競爭性內源RNA調控⽹絡構建分析》 WholetranscriptomesequencingandcompetitiveendogenousRNAregulationnetwork constructionanalysisinbenzo[a]pyrene-treatedbreastcancercells 期刊：SCITOTALENVIRON｜影響因⼦：10.753｜發表時間：2023年｜發表單位：桂林醫科⼤學 研究背景： 乳腺癌是世界上⼥性最常⻅的惡性腫瘤，環境污染物被認為是危險因素。⽬前，對苯并[a]芘誘導乳腺癌的研究⼤多集中在增殖、侵襲和轉移、DNA損傷、雌激素受體（ER）相關分⼦機制、氧 化損傷和其他代謝途徑等⽣物學效應上。⽬前，關于乳腺癌中 ceRNA ⽹絡的研究較多。然⽽，B[a]P誘導的乳腺癌中特異性 ceRNA 調控⽹絡仍有待闡明。 研究結果： 通過分析轉錄組數據，作者鑒定到144個差異表達的circRNA,69個差異lncRNA,20個差異 miRNA 以及212個差異mRNA。隨后，他們分析了這些差異RNA的GO和KEGG富集功能。此外，對這些差異表達的mRNA繪制蛋⽩-蛋⽩互作⽹絡（PPI)。隨后，他們構建了ceRNA ⽹絡，其中⼀個由45個失調的circRNA、11個 miRNA 和9個mRNA構成，第⼆個由40個lncRNA、11個miRNA和9個mRNA構成。
圖：B[a]p處理的MCF-7 細胞系中的競爭內源性RNA⽹絡 |
