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樣本處理及建庫系統 / 二代測序系統
二代測序系統

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武漢愛基百客生物科技有限公司（簡稱愛基百客），位于武漢高農生物園，辦公面積逾3000平方米，是一家專注于表觀組學、單細胞時空組學和高通量測序分析服務的新型生物科技企業。

公司旨在為客戶提供專業的科研服務，運營至今合作的科研客戶近千家，涵蓋國內知名科研院所、高校以及相關生物企業，運營至今銷售額超1億元，科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Plant Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL等國際高水平學術期刊發表，受到了客戶廣泛好評，是國內成長最迅速的多組學科研服務企業之一。

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详细说明

全基因組重測序

產品介紹
案例分析

全基因組重測序（Whole Genome Resequencing）

產品介紹：

全基因組重測序（WGS）是對已知基因組序列的物種進⾏不同個體的基因組測序，并在此基礎上對個體或群體進⾏差異性分析。全基因組重測序的個體，通過序列⽐對，可以找到⼤量的單核苷酸多態性位點（SNP，Single Nucleotide Polymorphism）、拷⻉數變異（CNV，Copy Number Variation）、插⼊缺失（InDel，Insertion/Deletion）、結構變異（SV，Structure Variation）等信息，從⽽應⽤于檢測致病基因、遺傳變異、產前篩查、個性化醫療等眾多領域。

技術路線：

技術應用：

樣本要求：

細胞：≥5×106個

動物組織：≥0.2 g

植物組織：≥2 g

真核微生物：5×10⁶個或≥300mg

建庫測序：

測序策略：PE150

測序深度：10×以上

項目周期：

55個工作日

案例分析

【項⽬⽂章】《杯傘科（口蘑亞目，傘菌目）的系統分類：基于系統發育與系統基因組學證據、形態學數據及毒蕈堿產生特性的演化創新》

Systematic arrangement within the family Clitocybaceae (Tricholomatineae, Agaricales): phylogenetic and phylogenomic evidence, morphological data and muscarine‑producing innovation

期刊：Fungal Diversity｜影響因⼦：20.3｜發表時間：2023年｜發表單位：中國科學院昆明植物研究所

研究背景：

Clitocybaceae（杯傘科）是近期建立的真菌家族。目前，由于取樣和用于系統發育分析的基因有限，該家族內的亞科分化和關系尚不清晰。該家族的一些蘑菇含有神經毒性毒蕈堿，導致全球范圍內許多嚴重甚至致命的中毒事件。然而，該家族內毒素的分類分布和演化大部分仍然未知。

研究結果：

該研究基于ITS和六個分子位點（ITS、LSU、TEF1、RPB1、RPB2和ATP6）的核苷酸序列進行了系統發育分析，同時進行了基于485個單拷貝同源基因的系統發育基因組學分析。采用BEAST分析法來估計家族內的分化時間，并對32個代表性物種的毒蕈堿進行了生化分析。

基于這些分析，提出了Clitocybaceae的更新分類，包括六個屬：杯傘屬（Clitocybe）、金錢菌屬（Collybia）、樹狀金錢菌屬（Dendrocollybia）、香蘑屬（Lepista）、假離褶傘屬（Pseudolyophyllum）和囊泡杯傘屬（Singerocybe）。還提出了17種中國新種和15種新組合。此外，在18種物種中檢測到毒蕈堿，這些含毒蕈堿的物種在Collybia亞屬中形成了一個主要的單系分支。最后，系統發育、系統發育基因組學、化學分類和分子測定年齡結果表明，Clitocybaceae是一個自然群，估計起源于約6000萬年前，并且在該家族中，毒蕈堿大約在2000萬年前僅經過一次獨立演化，并且之后未發生丟失。