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宏基因組測(cè)序
宏基因組測(cè)序 產(chǎn)品介紹： 宏基因組測(cè)序（Metagenome sequencing ）是由Handelsman等在1998年提出的概念，其定義為“the genome of the total microbiota found in nature ”，即環(huán)境中所有微⽣物基因組的總和。宏基因組主要以環(huán)境樣品中的微⽣物群體基因組為研究對(duì)象，以功能基因篩選和/或測(cè)序分析為研究⼿段，以微⽣物多樣性、種群結(jié)果、進(jìn)化關(guān)系、功能活性、互作關(guān)系及環(huán)境之間的關(guān)系為研究⽬的的新的微⽣物研究⽅法。 技術(shù)路線：
樣本要求： 基因DNA樣品量：≥ 3μg DNA濃度：≥20ng/μl DNA體積：≥15μl
建庫(kù)測(cè)序： 測(cè)序策略：PE150 測(cè)序量：10G
項(xiàng)目周期： 45個(gè)工作日 案例分享 【項(xiàng)目文章】《綜合性肺部微生物基因與基因組目錄助力引發(fā)豬肺部病變的豬肺炎支原體菌株機(jī)制研究》 Comprehensive lung microbial gene and genome catalogs assist the mechanism survey of Mesomycoplasma hyopneumoniae strains causing pig lung lesions 期刊：iMeta｜影響因⼦：33.2｜發(fā)表時(shí)間：2024｜發(fā)表單位：江西農(nóng)業(yè)大學(xué) 研究背景： 了解下呼吸道微生物組的群落結(jié)構(gòu)對(duì)于闡明其在呼吸道疾病中的作用至關(guān)重要。然而，由于難以從健康個(gè)體和患病個(gè)體中獲取微生物樣本，相關(guān)研究目前仍然較少。 研究結(jié)果： 本研究構(gòu)建首個(gè)豬肺部微生物宏基因組參考目錄，涵蓋噬肉支原體（M. hyopneumoniae）全基因組多樣性。宏基因組測(cè)序分析揭示不同致病力菌株在碳水化合物代謝、細(xì)胞黏附及免疫逃逸相關(guān)基因簇的顯著差異。通過比較基因組學(xué)，鑒定出高致病株特有的毒力島和相變異基因，闡明其通過表面抗原變異躲避宿主清除的機(jī)制。整合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)構(gòu)建菌株-宿主互作網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)特定菌株刺激促炎因子風(fēng)暴的關(guān)鍵效應(yīng)分子。研究為豬呼吸道疾病精準(zhǔn)防控提供了分子流行病學(xué)依據(jù)和新型疫苗靶點(diǎn)。
圖：構(gòu)建豬下呼吸道微生物組的宏基因組組裝基因組（MAGs） |
