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6mA-IP-seq
6mA-IP-seq（ DNA N6-methyladenine Immunoprecipitation Sequencing）產(chǎn)品介紹： 6mA作為DNA的另⼀種甲基化修飾，在真核生物中含量較低（10-6-10-5），與環(huán)境壓⼒、胚胎發(fā)育等有關。近期研究報道認為6mA是作為5mC甲基化修飾的⼀種補充調(diào)控方式，但是其具體機制及功能有待進⼀步研究報道。 6mA -IP- seq原理類似于MeDIP的免疫共沉淀測序技術，利⽤特異性抗體富集6mA⽚段，擴增后進行高通量測序及甲基化分析，以較少的數(shù)據(jù)量，快速地繪制全基因組DNA甲基化⽔平的圖譜。
圖：6mA-IP-seq建庫測序流程圖
分析流程：
樣本要求： 細胞：≥1×107個 動物組織：≥3g 植物組織：≥3g 真核微生物：≥500mg 建庫測序： 測序策略：NovaSeq6000, PE150 測序深度：20-30M clean reads 項目周期： 50個工作日 案例分析 【項⽬⽂章】《N-甲基脫氧腺嘌呤和組蛋⽩甲基化介導了刺激熱應激誘導的跨代⽣存優(yōu)勢》 N-methyldeoxyadenineandhistonemethylationmediatetransgenerationalsurvivaladvantagesinducedbyhormeticheatstress 期刊：ScienceAdvances｜影響因⼦：14.957｜發(fā)表時間：2021年｜發(fā)表單位：暨南⼤學 研究背景： 環(huán)境脅迫可以誘導⽣存優(yōu)勢傳遞到多代，代表了在物種⽔平上的進化優(yōu)勢適應。以線⾍秀麗隱桿線⾍為模型，作者發(fā)現(xiàn)任何⼀個親本經(jīng)歷的熱休克都可以增加⾃⼰的壽命，并延⻓到第五代后代。組蛋⽩H3K9me3甲基轉(zhuǎn)移酶SET-25和SET-32以及DNA N6-甲基甲基轉(zhuǎn)移酶DAMT-1參與了跨代⾼溫記憶的傳遞。 研究結(jié)果： 研究⾸先利⽤dot blot分析發(fā)現(xiàn)在熱應激條件下的動物中N6-mA明顯升⾼。為了確定動物在熱應激時哪些N6-mA修飾的基因受到影響，作者進⾏了MeDIP-seq 。結(jié)果顯⽰，熱脅迫后⼀些基因的N6-mA DNA修飾顯著增加，⽽其他⼀些基因的修飾顯著減少。值得注意的是，研究發(fā)現(xiàn)N6-mA和H3K9me3標記在基因組的同⼀個位點上，并且這些標記的⽐例似乎與基因轉(zhuǎn)錄活性有關。MeDIP-qPCR分析顯⽰，對于熱應激反應相關基因 ，H3K9me3降低和N6-mA升⾼增加了轉(zhuǎn)錄⽔平。總之 ，在熱脅迫下，N6-mA的升⾼和H3K9me3的降低共同促進了應激反應基因的轉(zhuǎn)錄，延⻓了⽣命的壽命。
圖：DNA N6-mA介導了熱應激誘導的跨代遺傳 |
